各屆科技獎甄審作業，由本會董事長遴聘權威之專家組成評審委員會，下設「奈米科技」、「通訊光電」、「生技醫藥」及「綠色科技」等審查小組，各小組召集人另敦聘多位專家學者參予小組審查工作，歷經『同儕審查機制(Peer’s Review System)』過程推薦入圍名單至評審委員會，以評選出最終得獎名單，提交董事會確認後公佈。